L’état des cours d’eau se dégrade du sud (zone de mon­tagne avec peu d’activités polluantes) au nord (vallées gasconnes avec des eaux plus dégradées).

De manière générale, les masses d’eau du territoire s’avèrent extrêmement vulnérables aux pollutions diffuses (phytosanitaires, nitrates…).

La qualité des eaux des bassins versants gascons est par ailleurs largement altérée par l’importance des matières en suspension. Ces matières sont problématiques notamment par leur capacité à fixer les polluants d’origine urbaine ou agricole qui arrivent dans les cours d’eau, principalement par ruissellement.

Cela a un impact fort sur la production d’eau potable ou la biodiversité.

Sur le territoire, seulement 28 % des masses d’eau sont considérées en bon état écologique. Ce taux tombe à 14% pour les rivières gasconnes.

Le territoire de la Neste et des rivières de Gascogne est une grande mosaïque paysa­gère. En montagne, dans les rivières, le long des cours d’eau et dans les milieux humides, c’est une grande diversité d’habitats, de faune et de flore qui cohabite et rend de nombreux services. 6 000 espèces végétales et animales sont observées sur le territoire, dont certaines espèces endémiques.

Le territoire de montagne est pourvu d’un grand nombre d’espèces emblématiques des Pyrénées voire endémiques et protégées comme le Desman des Pyrénées (petit mammifère également appelé rat-trompette) ou le Calotriton des Pyrénées (un amphibien), qui ont besoin d’une eau fraîche et de très bonne qualité.Dans les milieux connectés aux rivières, on peut rencontrer une multitude d’espèces dépendantes des zones humides comme le papillon Cuivré des marais, ou comme les plantes Jacinthe de Rome ou Droséra à feuilles rondes. Le long des cours d’eau, sur lesquels la ripisylve est encore bien présente, on peut observer l’oiseau Martin-pêcheur ou la libellule Cordulie à corps fins.